Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Вероятно, при распределении файлов по типам файлов (сертификат, отказное письмо и т.д.) из тега Link нужно смотреть по наличию ключевых слов (Сертификат, Отказное) из тега PubName.
Как правильно подсказали выше, нужно использовать механизм пользовательского кода (см. документацию + примеры кода)
Судя по всему, речь про этот плагин (желательно сразу давать ссылку, чтобы не гадать).
Как правильно было замечено выше, никто кроме разработчика плагина так хорошо его не знает.
Поэтому нужно "добивать" support.
Плагин довольно популярный (около 6 000 продаж) и почти 3,5 тыс. публичных...
Синхронизация товарами однонаправленная (1с -> Сайт) или двунаправленная в обе стороны?
Синхронизация заказами однонаправленная (1с -> Сайт) или двунаправленная в обе стороны?
Доставки и оплаты выгружаются из сайта в 1с или в обе стороны?