Если вы не против, я бы скинула вам пароль к админке, чтобы вы посмотрели.
Скрыть товар - это значит, в разделе видимость товара поставить галочку скрытый, вот как на скриншоте.
https://yadi.sk/i/HO007yxAXyAzJ
А прописывать категории вручную - я вроде так делала, но у меня все равно без...