Вы используете устаревший браузер. Этот и другие сайты могут отображаться в нём некорректно. Вам необходимо обновить браузер или попробовать использовать другой.
Все доступные плагины мега-меню наполняются ручным перетаскиванием категорий и формированием их иерархии. Есть ли возможность автоматизировать этот процесс с учетом того, что категорий > 4000? Сами категории без проблем создаю через API WooCommerce, включая изображения и иерархию.