Слайдеры тормозят загрузку страницы и надоедают пользователю. Поэтому лучше не вставлять их в шапку, которая будет на всех страницах.
Проще вставить шорткодами слайдеры в описание тех категорий на котрых вы хотите чтобы они отображались.
Однако не все темы выводят описание категорий. Проверьте - вставьте любое слово в форму описания категорий или подкатегорий и посмотрите появится ли оно наверху страницы категории.
Если появится то установите плагин
HTML in Category Descriptions. Он позволит вставлять в формы редактирования описания HTML код, а значит и шорткоды слайдеров.
По умолчанию WooCommerce выводит описание категорий наверху страниц. Но если вы хотите, чтобы описаниия выводились внизу то прочтите статью на моём сайте:
http://innka.info/redaktirovanie-pod-kategoriyami-v-woocommerce/