Какая разница - в обоих случаях оплата происходит при получении, а не на сайте.
Вы выбираете доставку курьером с ценой х - оплата наложенным платежом
выбираете доставку в регионы с ценой у - оплата также наложенным платежом.
С помощью плагина Saphali WooCommerce Custom Shipping можете создать кучу доставок курьером или в регионы, которые будут подпадать под наложенный платёж.