Вопрос решен.
В файле wc_template_functions.php есть функция:
$product_categories = get_categories( apply_filters( 'woocommerce_product_subcategories_args', array(
'parent' => $parent_id,
'menu_order' => 'DESC',
'hide_empty' => 0,
'hierarchical' => 1,
'taxonomy' => 'product_cat',
'pad_counts' => 1
) ) );
Меняем ASC на DESC и подкатегории выводятся в обратном порядке