Вы не подскажете, как сделать эти чекбоксы по умолчанию "кликнутыми"?
Наверное никак. Ну, чтобы в коде все не перерывать, то никак. Просто не забывайте про эту галочку: добавили свойство - сразу поставьте.
Кроме того, советую не использовать "свойства конкретного товара", а позаполнять общие свойства
(/wp-admin/edit.php?post_type=product&page=woocommerce_attributes)
, а потом из них уже выбирать. Во-первых, заполнив свойство один раз, потом будет легче его добавлять для разных товаров. Во-вторых, по таким свойствам можно делать выборки товаров.