На всех сайтах, которые выдает поиск по тем или иным твикам стилей WP, пишут, что нужно править style.css, хотя в самом style.css дисклемейр говорит, что нужно использовать custom.css. Так понимаю, потому, что при обновлении темы, правки в style.css потрутся.
Все свои правки в custom.css...