вот как только вы туда что-то добавите - это и начнет работать!
Правила из него имеют более высокий приоритет, чем правила из style.css
берете какое-нибудь правило из style.css, которое надо поменять. копируете в custom.css. Подставляем нужные цифры, например, вместо padding: 6px пишем padding...