Спасибо за ответы.
custom permalinks - не работает в последних версиях.
Всё таки не соглашусь с вами по поводу структуры. В крупных магазинах насколько я увидел используются в основном /cat/%cat_id% для категорий, но на мой взгляд это из-за большого объёма или ленности программеров.
Но в то же время, в опровержение вашей теории, существуют также и куча магазинов которые придерживаются нормальной структуры, допустим тот же MediaMarkt или e96.
Да и вообще, чтобы не нарушать структуру если нужно будет менять что-то, что мешает взять сразу готовую и продуманную, от того же ЯндексМаркета, у него она на порядок проработаннее.
Ну и с точки зрения SEO, Яндекс напрямую рекомендует использовать именно подобные URL (см. п.4)
https://yandex.ru/support/webmaster/recommendations/site-structure.xml
Вообщем понятно, видимо это косяк разработчиков, который не поправить. Надеюсь что они всё таки когда-нибудь дадут возможность без танцев с бубном сделать такую структуру, какую хочется человеку, а не им.
P.S.
А вот в Меню рубрик точно нет
Вот другой магазин, несколько старее по версии, но там есть отсылки к категориям в Меню.
Не подскажете как их добавить?