По картинкам посмотрите в разделе Woocommerce - настройки - товары - отображение (смотрите картинку)
по фильтрам: их действительно много и надо смотреть более детально...
про плагин Fancy box: его функции скорее всего выполняет другой установленный плагин с похожими функциями, если его отключить, то к Вам вернётся Fancy box (какой именно плагин отключить - надо смотреть)
И ещё, разве у Вас не остался backup до того как специалисты стали что-то делать?
А так в общем симпатичный сайт. Единственно структура каталога, насколько я смог понять бегло пробежав по сайту, немного не удобная именно для "плитки". Сейчас почти все интернет магазины (известные мне) стараются представлять "Коллекции" а потом уже более детально плитку из этих коллекций.